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【2025年】公益法人向け会計ソフトおすすめ5選|株式会社との違いと選び方を解説


2025.11.30

公益法人の会計は区分経理や配賦、注記、電帳法対応まで配慮が必要で、どのソフトを選ぶべきか迷うものです。

本記事では最新の会計基準を踏まえ、公益法人に適した会計ソフト5選と、株式会社との違い・選び方を分かりやすく解説します。

初めて導入を検討する方や、制度改正で乗り換えを考える方はぜひ参考にしてください。

公益法人と株式会社(営利法人)の違い

まずは公益法人と株式会社などの通常の営利法人の違いを見ていきます。

公益法人と株式会社の会計の違い

公益法人の会計は、黒字や赤字かよりも、資金が公益目的に沿って使われたかを確かめます。

指標となるのは正味財産の増減で、寄附や助成金は使途指定の有無に応じて一般正味財産と指定正味財産に分けて管理します。

家賃などの共通費は面積や人数などの基準で公益目的、収益事業等、法人運営へ配分します。

そのため、公益法人では、区分経理や配分、指定寄附の管理に加え、証憑と承認の流れや操作ログまで扱える会計システムが必要です。

一方、株式会社は損益計算書中心で利益や配当の可能性を示すのが会計の基準です。

株主や銀行などへの説明を重視するため、寄附の条件別の管理や公益目的とそれ以外への厳密な費用の振り分けは通常求められません。

公益法人向け会計ソフトと株式会社向けソフトの違い

公益法人向けの会計ソフトは区分経理や配賦、一般と指定の正味財産管理、注記を含む決算書の出力、承認と証憑の連携、電帳法や監査対応を前提に設計されています。

株式会社向けの会計ソフトは利益管理が中心で、売上や原価、在庫や固定資産、連結や開示の効率化を重視します。

同じ会計でも目的が異なるため、要件と画面設計が大きく変わります。

公益法人におすすめの会計ソフト5選

公益法人におすすめの会計ソフト5選

ここからは、公益法人におすすめの会計ソフトを5つ紹介します。

それぞれの特徴を比較して導入を検討してみましょう。

WEBバランスマン

WEBバランスマンは、最新の公益法人会計基準に対応し、伺書入力や按分処理を前提にした設計が特徴です。

変換マスタにより平成16年基準と20年基準の様式で決算書を出力でき、基準の異なる期間が混在する運用にも対応しています。

クラウドでの利用もできるのため導入負担が軽く、グループ管理や他システム連携もスムーズです。

セキュリティはSSL暗号化や自動バックアップができ、運用面でも安心感があります。

TKC FX4クラウド

TKC FX4クラウドは、常に最新の公益法人会計基準に合わせて提供され、銀行や信販の取引データを自動受信し学習機能で仕訳を効率化できます。

法令遵守や経理の合理化を支援するという公式のメッセージも明確で、拠点をまたぐ運用にも向く設計思想も特徴です。

PCAクラウド 公益法人会計

PCAクラウド 公益法人会計は、迅速な制度改正対応と内部統制機能を前面に出し、ログ管理やアクセス制御、パスワード有効期限などを備えています。

クラウドとオンプレの双方で提供され、価格レンジやサービス形態も公式に整理されています。

全銀EDIシステムへの対応に触れられている点も、入出金の自動化を検討する法人には魅力でしょう。

公益大臣NX

公益大臣NXは、公益法人会計基準への対応を前提に、内部取引やリース会計、定期提出書類まで視野に入れた機能を採用しています。

スタンドアロンから大規模ネットワークまでの価格帯が整理されており、規模に応じた構成を検討しやすい点も魅力です。

既存の社内運用を重視する法人には相性が良いでしょう。

The 会計

The 会計は、正味財産増減計算書に加えた収支の予算実績管理を標準で持ち、法人会計から事業への配賦計算に対応しています。

証憑添付や電子帳簿保存との連携、内部統制を意識した権限管理なども特徴です。

管理会計の柔軟さや外部出力にも言及があり、レポーティングの作り込みを重視する組織に適しています。

公益法人向け会計ソフトの選び方

ここでは公益法人の会計ソフトを導入前に確認したい点を解説します。

それぞれを確認し、会計ソフトの導入に役立ててください。

基準や制度改正への対応

最新の公益法人会計基準と運用指針への対応状況を確認します。

適用開始時期や経過措置、今後の改訂予定をベンダーが説明できるかも重要です。

会計方針の変更や注記の追加に伴う帳票の差し替えが自動化されていると安心です。

更新情報の通知や教育資料の提供体制も評価に加えましょう。

制度改正に合わせた無償アップデートの方針が示されているかも判断材料になります。

区分経理・配賦機能

公益目的、収益事業等、法人運営の3つの区分に加え、部門やプロジェクトなどの多層管理を再現できるかも確かめましょう。

家賃や通信費など共通費の按分基準を柔軟に登録でき、月次で自動適用できると運用負荷が下がります。

内部取引の消去や振替の自動化、配賦結果の検証レポートも欲しい機能です。

配賦の根拠を注記に反映できる仕組みがあると説明責任を果たしやすくなります。

決算書・注記の自動出力

貸借対照表、正味財産増減計算書、資金収支計算書に対応し、事業別の明細を標準で出力できるかもチェックポイントです。

指定正味財産の増減や解除の履歴を明細で追えると、監査対応がスムーズになります。

注記の雛形とチェック機能があると記載漏れを防げます。

電子帳簿保存法対応か

電子受領やスキャン保存を想定し、検索項目や改ざん防止の要件を満たせるかを確認します。

証憑と仕訳が自動でひもづき、タイムスタンプや保存期間の管理が画面で確認できると運用が安定します。

既存の証憑サービスとの連携可否や、監査人向けの閲覧権限の設計も重要です。

承認フロー

申請から仮伝票、本仕訳までの経路を柔軟に設計できるかを見ます。

代理承認や差し戻し、期限の通知、承認の並列化など例外処理の表現力があると滞留を防げます。

誰がいつ何をしたかを示す操作ログを、帳票と同じ粒度で提示できるかも家訓んしてみてください。

予算や補助金の管理

年度と補正の2段構えで予算を持ち、事業別や部門別の予実を日次で可視化できるかもチェックしましょう。

補助金や助成金は用途と期間の条件を正味財産の区分と合わせて追跡できると便利です。

超過や未執行に対するアラート、承認条件との連動があると統制と効率を両立できます。

公益法人や一般社団法人に会計ソフトを導入すべき理由

公益法人や一般社団法人に会計ソフト利用をおすすめする理由

公益法人や一般社団法人に会計ソフトをおすすめする理由は、複雑な会計業務を効率的かつ正確に管理するためです。公益法人は公益法人会計基準や法制度に則った帳簿・決算書の作成が求められ、企業と違い寄付金や補助金など用途が限定された財源の管理が必要です。会計ソフトを活用すれば、こうした特殊な会計処理も自動化でき、人的ミスを防ぎながらスムーズに帳簿作成・予算管理が可能になります。

さらに、クラウド型などは場所を選ばず入力作業や閲覧ができ、担当者間でリアルタイム共有も簡単です。初心者にも分かりやすいインターフェースやサポート体制が整っている製品も多く、業務の効率化と正確さを両立できます。法改正や基準変更にもすぐに対応できる点も大きなメリットです。会計知識が浅い担当者でも安心して導入・運用できるのが会計ソフトを使う最大の利点と言えるでしょう。

公益法人の会計ソフトでよくある質問

公益法人の会計ソフトに関して、よくある質問に回答していきます。

一般的な会計ソフトでも公益法人会計はできますか?

仕訳や元帳は処理できますが、正味財産の区分や指定寄附の解除、区分経理と配賦、注記まで自動で整えるのは難しいでしょう。

決算様式と注記を含めて再現できるかが判断基準にもなります。

導入前に試算表から決算書までの出力サンプルを確認すると見落としを防げます。

新基準や指針変更にはどう対応すべき?

まず適用時期と経過措置を押さえ、注記や方針変更の影響を洗い出します。

そのうえでシステム設定で担保できる項目を要件表に落とし、改訂情報の提供体制とアップデート方針をあわせて確認しましょう。

監査人と早めに論点を共有して合意を取っておくと期末の手戻りを減らせます。

電子帳簿保存法対応は必須?

メール添付やクラウド請求書などの電子取引が1つでもあるなら、公益法人でも2024年1月1日以降は電子データのまま保存する義務があります。

電子取引が全く無ければ電子保存の導入自体は必須ではありませんが、電子で授受した瞬間に対象になる点は押さえておきましょう。

対応時は、真実性と可視性と検索性の要件を満たすことに加え、売上高が5,000万円以下など小規模の場合の検索要件緩和の有無を確認し、証憑と仕訳をひも付けられる仕組みを整えましょう。

公益法人の会計ソフトの価格相場は?

クラウドは月額課金が中心で、ユーザー数や連携範囲で上下します。

オンプレミスは初期費用と保守費用が発生するため、教育やデータ移行まで含めた総保有コストで比較する必要があります。

見積もりの際に将来のユーザー追加や機能拡張の費用も確認しておくと計画が立てやすくなります。

会計ソフトにデータを移行するコツは?

期首切り替えなら残高とマスタの整備を徹底し、期中なら仕訳移行の範囲と突合テストを先に決めます。

科目や部門や事業の命名規則を統一し、証憑の紐付け方針と承認経路を運用前に固めると後戻りを防げます。

旧システムのデータ品質を事前に棚卸しして不備を正しておくと移行後の検証が早まるでしょう。

まとめ

公益法人の会計は区分経理や配賦、指定正味財産の管理、各種法律への対応など一体で考える必要があります。

手作業や汎用ソフトでは、配賦の再現性や承認と証憑の突合、注記の漏れもあるでしょう。

会計システムを導入すれば、そのような課題も解消することが可能です。

WEBバランスマンのような公益法人に特化した会計ソフトを導入し、適切に処理していきましょう。