2024年1月から電子帳簿保存法が改正され、電子取引データは紙保存ではなく電子保存が義務化されました。
請求書や領収書のPDF、クラウド取引データなど、日常業務の多くが対象となります。
本記事では改正のポイントと企業が取るべき対応、実務上の注意点を解説します。

電子帳簿保存法改正と電子取引

電子帳簿保存法の改正により、電子取引をめぐるルールが大きく変わりました。
ここでは、改正の背景や電子取引の定義、そして改正前後で何が変わったのかを解説します。

電子帳簿保存法改正の背景と目的

電子帳簿保存法は、1998年に創設された「帳簿・書類の電子保存を認める」制度でした。
当初は利用の任意性が高く、紙の保存が一般的でしたが、企業のデジタル化やクラウド会計の普及に伴い、電子データを電子のまま保存するニーズが拡大しました。
国税庁としても、紙に出力された書類を確認する従来の調査方法では効率が悪く、電子データをそのまま確認できる仕組みが望まれていました。
こうした流れを受け、2022年の税制改正で「電子取引データは電子保存を原則とする」という方針が明確にされ、2024年1月から全面的に義務化がスタートしています。
背景には、ペーパーレス化によるコスト削減や業務効率化だけでなく、税務行政のデジタルシフトという大きな目的があります。

電子取引とは

電子取引とは、取引情報が電子的に授受されるものを指します。
典型的なのは、請求書や領収書をメールでPDF送付するケースです。
その他にもEDIシステムを通じた発注、クラウド請求書サービスでの受領、インターネット通販での領収データの取得なども対象に含まれます。
ポイントは「紙を介さず電子的にやり取りされたデータ」であることです。
また、保存義務があるのは受け取ったデータだけでなく、自社が取引先に交付したデータも含まれます。
そのため、取引の双方で電子保存を行う必要性が生じます。

電子帳簿保存法改正前後の違い

従来は電子取引データを紙に出力して保存しても問題ありませんでした。
しかし、改正後は「電子取引で受領・交付したデータは、電子データのまま保存しなければならない」とされ、紙保存は認められなくなりました。
これが今回の大きな転換点です。
2021年の改正当初は経過措置として、印刷保存であっても罰則を科さない「宥恕措置」が設けられていましたが、これは2023年末で終了しています。
2024年以降は原則として電子保存が必須となり、違反すれば税務調査で必要経費や損金算入が否認されるケースもあります。

電子帳簿保存法改正における電子取引の保存義務のポイント

改正後の制度では、電子取引データを保存する際に守らなければならない要件があります。
真実性と可視性を確保するための具体的なポイントを確認しましょう。

真実性の確保（改ざん防止）

電子データの保存で最も重要なのは「改ざん防止」です。
要件は以下が挙げられます。

①データ受領または保存時にタイムスタンプを付与する
②訂正や削除の履歴が残るシステムを利用する
③訂正や削除自体ができない仕組みで保存する
④事務処理規程を定めて適正に運用する

以上のいずれかの方法で真実性を担保することが求められます。
自社の業務フローに合った方法を選び、社内でルール化することが不可欠です。

可視性の確保（検索性）

次に必要となるのが「可視性」、すなわち検索機能の確保です。
保存したデータは、日付・金額・取引先の3項目で検索できる状態にしておかなければなりません。
そうすると税務調査時に必要なデータを迅速に提示できます。
ただし、売上高5,000万円以下の中小事業者や印刷して整理したうえで提示可能な事業者については、一部要件が緩和されます。
また、システム側で「ダウンロード要求」に応じられる場合は、範囲指定や複数項目を組み合わせた検索機能を備える必要がなくなります。

宥恕措置から猶予措置へ

改正当初は「宥恕措置」と呼ばれる経過措置が設けられ、電子取引データを紙で保存しても罰則が科されない特例が認められていました。
しかし、この宥恕措置は2023年末で終了しました。
2024年以降は、要件を満たした保存ができない「相当の理由」がある場合に限り、新たな「猶予措置」が適用されます。
この場合も、単にデータを保存するだけでは不十分で、印刷保存とダウンロード提出への対応が必須となります。
つまり、猶予は一時的な救済措置であり、恒久的な免除とはなりません。

電子帳簿保存法改正における電子取引について企業がすべきこと

電子取引データ保存の義務化において、企業はさまざまな対応が求められます。
ここからは、社内ルールの整備からシステム導入まで、実務的な観点で取り組むべきポイントを整理します。

社内ルール・ワークフローの整備

最初に取り組むべきは、電子取引データを受領してから保存・管理するまでの一連の流れを明確化することです。
たとえば、請求書PDFを受け取った際に「どのフォルダに」「どんなファイル名で」「誰が保存するか」といったルールを定めることで、検索要件を満たしやすくなります。
また、税務調査に備えて「どの部署がどのタイミングで提出対応するのか」を決めておくことも重要です。

会計ソフト・システムの導入

手作業での管理は限界があるため、電子帳簿保存法に対応したシステムを導入することが効率的です。
保存要件を自動で満たす仕組みを持つ会計ソフトを利用すれば、改ざん防止や検索性の確保も容易になります。
また法人の特徴に合わせてソフトやシステムを導入する必要があります。
たとえば、公益法人は、一般企業とは会計処理のルールが異なるため、公益法人特化型の会計ソフトが有効です。
具体的には「WEBバランスマン」がおすすめです。
クラウド型の証憑管理システム「ClimberCloud」（JIIMA認証取得）と連携し、領収書や請求書データを仕訳と紐付けて管理できます。
その結果、電子取引データの保存要件を満たすだけでなく、公益法人独自の会計基準にも適合した処理が可能となります。

従業員教育と運用体制の強化

最後に欠かせないのが、人の運用面です。
経理部門だけでなく、営業部門や総務部門など、電子取引データを受け取る可能性がある全社員にルールを周知しなければなりません。
保存漏れや誤保存が起これば、税務調査時にデータを提示できず、経費否認のリスクが高まります。
そこで、定期的な研修や内部監査を通じて、正しい運用が継続される仕組みを作ることが求められます。

まとめ

電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの保存はすべての企業に必須となりました。
真実性や検索性の確保、宥恕措置から猶予措置への移行など、正しい理解と準備が欠かせません。
対応には、社内ルールの整備や会計ソフトの活用が効果的です。
公益法人には「WEBバランスマン」のような専用システムが有効で、制度要件と会計基準の両立が可能となります。
改正を契機に、業務のデジタル化と内部統制の強化を進めましょう。